内閣府所管

国立公文書館／北方領土問題対策協会／沖縄科学技術研究基盤整備機構

消費者庁所管

国民生活センター

総務省所管

情報通信研究機構／統計センター／平和祈念事業特別基金／郵便貯金・簡易生命 保険管理機構

外務省所管

国際協力機構／国際交流基金

財務省所管

酒類総合研究所／造幣局／国立印刷局／日本万国博覧会記念機構

文部科学省所管

国立特別支援教育総合研究所／大学入試センター／国立青少年教育振興機構／国立女性教育会館／国立科学博物館／物質・材料研究機構／防災科学技術研究所／放射線医学総合研究所／国立美術館／国立文化財機構／教員研修センター／科学技術振興機構／日本学術振興会／理化学研究所／宇宙航空研究開発機構／日本スポーツ振興センター／日本芸術文化振興会／日本学生支援機構／海洋研究開発機構／国立高等専門学校機構／大学評価・学位授与機構／国立大学財務・経営センター／日本原子力研究開発機構

厚生労働省所管

国立健康・栄養研究所／労働安全衛生総合研究所／勤労者退職金共済機構／高齢・障害者雇用支援機構／福祉医療機構／国立重度知的障害者総合施設のぞみの園／労働政策研究・研修機構／雇用・能力開発機構／労働者健康福祉機構／国立病院機構／医薬品医療機器総合機構／医薬基盤研究所／年金・健康保険福祉施設整理機構／年金積立金管理運用独立行政法人／国立がん研究センター／国立循環器病研究センター／国立精神・神経医療研究センター／国立国際医療研究センター／国立成育医療研究センター／国立長寿医療研究センター

農林水産省所管

農林水産消費安全技術センター／種苗管理センター／家畜改良センター／水産大学校／農業・食品産業技術総合研究機構／農業生物資源研究所／農業環境技術研究所／国際農林水産業研究センター／森林総合研究所／水産総合研究センター／農畜産業振興機構／農業者年金基金／農林漁業信用基金

経済産業省所管

経済産業研究所／工業所有権情報・研修館／日本貿易保険／産業技術総合研究所／製品評価技術基盤機構／新エネルギー・産業技術総合開発機構／日本貿易振興機構／原子力安全基盤機構／情報処理推進機構／石油天然ガス・金属鉱物資源機構／中小企業基盤整備機構

国土交通省所管

土木研究所／建築研究所／交通安全環境研究所／海上技術安全研究所／港湾空港技術研究所／電子航法研究所／航海訓練所／海技教育機構／航空大学校／自動車検査独立行政法人／鉄道建設・運輸施設整備支援機構／国際観光振興機構／水資源機構／自動車事故対策機構／空港周辺整備機構／海上災害防止センター／都市再生機構／奄美群島振興開発基金／日本高速道路保有・債務返済機構／住宅金融支援機構

環境省所管

国立環境研究所／環境再生保全機構

防衛省所管

駐留軍等労働者労務管理機構